Non saprei, forse dipende dall'ultimo livello (layer) che non è trasparente.
Ad esempio salvando un immagine in formato bmp, si perde quest'informazione (a differenza di quanto accade per le gif invece) e Photoshop gli assegna il colore di sfondo (bianco ad esempio).
Prova se c'è un settaggio analogo nei .dds o se proprio il passaggio in bmp ti genera il problema.