Sperando di non aver capito male la questione ti posso dire che non è fatto di perdere i benefici della patch, quanto invece di non poter installare i mod che necessitano della patch precedente alla 1.2.
Insomma i mod usciti prima della patch che dici tu immagino che siano compatibili con la 1.1. Di conseguenza non possono andare su una versione alla 1.2.
Spero di averti fatto capire altrimenti chiedi ancora così vedrò di essere più preciso.